美國自誇擁有全世界最好的生物醫學工程大學，包括私立大學、州立大學與科技大學都有很優秀的課程。
U.S. News & World Report雜誌每年根據各校的工程專業來排名世界頂尖學校的工程課程，學校系主任與資深教授也會評估學校課程的結構，這也會影響各校的排名。

私立大學

美國有一些私立大學擁有頂級的生物醫學工程科系。根據U.S. News & World Report，John Hopkins的生物醫學工程的大學與研究生課程都是最頂級的。University of Pennsylvania是其中一間長春藤的大學，而他的課程也是非常的先進。Boston University則是提供大學生一些課外的研究與國外交流的工程課程。Duke University為了發展新的生物醫學科技，提供中央支援來激發更多的跨學科與創意活動。Stanford University是擁有十大生物醫學研究生課程的其中之一。工程系與醫學系合力的支持生物醫學工程的課程。

州立大學

州立大學也有許多出色的課程，而學費也比私立大學便宜。University of Washington提供實際的研究機會給學生參與，例如: Engineers without Borders。University of Michigan-Ann Arbor也有全美其中一個最大的研究所課程，而University of California-San Diego則是在工程系與醫學系有合作關係。

科技大學

科系大學的主力在專注於理工科系。Georgia Institute of Technology有全美國數一數二的生物醫學工程系，這個課程是工程系與醫學系攜手合作。Massachusetts Institute of Technology也有世界知名的工程科系，而他的專業教授當中也有包括頂尖的生物醫學人才，開發最新的研究。

國際大學

University of Toronto and ETH Zurich擁有全世界最頂級的生物醫學工程科系。University of Toronto自誇擁有加拿大第一個生物醫學工程的大學課程。這個科系著重於新的工程科技與在醫界的應用。另一方面，ETH Zurich提供相同的研究所課程。學生可以專攻生物成像、生物力學、生物儀器與分子生物工程。